総合展示室を取り囲むように、自然史・考古・美術工芸・歴史・民俗の5つの部門展示室を設けています。
収蔵資料を活用しながら、総合展示やそれぞれのテーマをより深め、特化した形での展示を行っています。
部門展示では、取り扱うテーマに可変性を持たせ、展示替えの頻度を高める工夫を行っています。
琉球列島の成り立ちや、島の環境に適応して独自の進化をとげた生き物の世界を展示するとともに、沖縄が世界に誇る化石人類である港川人の最新の研究成果を紹介しています。
またジオラマ展示では、ヤンバル(沖縄島北部)、宮古島、西表島、マングローブについて自然の成り立ちを重視した展示を行っています。
沖縄の発掘調査によって出土した実物資料を用いて、人々の暮らしぶりや地域的な特徴、時代の変化などをわかりやすく紹介しています。
島々に生きた先人たちは、自分たちの生活・文化に海外との交流によってもたらされた「モノ」や「文化」を取り入れることによって、琉球の美術工芸品を生み出しました。
ここでは王国時代の人々の美意識を伝えながら、現代に生きる私たちにとって、より親しみやすいかたちで、1年に数回テーマを決めて展示替えを行いながら、琉球の美を紹介します。
沖縄は、独立した国家であった琉球王国の歴史に加え、近代以降、日本やアメリカなど国際社会の動向の中で、何度も世替わりを体験してきました。歴史部門展示室では、年に数回のテーマ展示を通して、沖縄をはじめ各地の様々なモノから歴史をひもとき、歴史の醍醐味や楽しさを紹介していきます。
沖縄の島々に伝わる生活文化について紹介しています。村落の成り立ち、信仰と祭り、人の一生、農耕と漁労、衣食住、職人の技、変容する民俗などのテーマを設けて、「観る」、「聴く」、「触る」、「調べる」といった体験的な要素を加えた展示を行っています。