調査期間中、金関が書き送った新聞原稿を発端として、宮良當壯（みやらとうそう）との間で交わされたいわゆる「起源論争」はよく知られています。当時の学界を代表する碩学（せきがく）による激しい論争は、センセーショナルなものでした。柳田や金関が主張したような形での、南方からの人や文化の流入については、現在でも具体的な証拠が得られているわけではありません。一方、旧石器時代の沖縄に暮らしていた港川人や白保人については、東南アジアやオセアニア集団との類似が指摘されており、南方起源説が有力となっています。
　残念ながら「南島文化の綜合調査」自体に関する総括的な報告は刊行されませんでしたが、この調査を契機として、多くの研究課題や問題意識が派生していきました。金関らの問題意識は、地元の多和田真淳（たわだしんじゅん）や稲村賢敷（いなむらけんぷ）らにも大きな影響を与えたようです。金関はその後、種子島広田遺跡の調査を指揮し、南島先史人の人類学・考古学研究に多大な貢献をなしました。また、国分はたびたび奄美・沖縄を訪れ、各地で考古学調査を実施する傍ら、琉球大学でも講義や実習を実施し、人材育成に努めました。
　柳田の「海上の道」という視点は、自然環境と人類文化を総合的に俯瞰するコンセプトとして、現在でも多くの書籍や研究課題に取り上げられています。SIRI の主導者の一人として『琉球の歴史』（1956）を執筆し、柳田とは逆の立場から沖縄を見つめたジョージ・Ｈ・カーは、後年の著作の中で台湾の南の紅頭嶼（こうとうしょ：現在の蘭嶼）付近で墜落し、救命筏で難を逃れた際の体験を次のように述べています。　

「…私達は、柳田国男が『海上の道』で力説して書いた偉大な「海の中の河」、フィリピンから琉球と日本本土に向かって容赦なく流れる海流、黒潮をパドルで漕いで横切ろうとしていたのである。筏にはみんなの数日分の十分な海上糧食を載せていたが、紅頭嶼までたどりつくことが出来なかったら、私たちはおそらくそのまま北の先島（宮古・八重山）の方へ押し流されていたであろう。…」
（カー 1983「琉球文化財調査計画について－1961~1964」『沖縄出土の中国陶磁 : ジョージ・H・ケア氏調査収集資料 下 沖縄本島編』沖縄県立博物館）