將博物館及美術館合併設立，是在日本國內也相當罕見的設施。1946年在沖繩戰爭後所誕生的「沖繩民政府立東恩納博物館」，就是現在博物館的前身，在2016年時我們迎來了70周年紀念。在博物館裡，除了展有地球科學、生物、人類、考古、民俗、歷史、美術工藝等各個領域的資料，也舉辦其相關活動。在美術館裡，有受沖繩薰陶影響的油畫、水彩畫、雕刻、版畫、照片、影像等，以近現代美術為中心來展示作品。
請恣意地徜徉在充滿沖繩自然、歷史、文化、藝術的殿堂。

截至2017年為止，博物館的收藏品約有94,000件，美術館則有3700件。

這些收藏品數量每年都在增加中，我們也因此會定期舉辦展示及介紹新收藏品的「新收藏品展(博物館)」與「新收集系列(美術館)」的展覽。
另外，展覽室裡所陳列的資料及作品皆為館藏資料的其中一小部份，其他的大部分都是在收藏室裡受到謹慎地保管。做為收藏機關的博物館・美術館，其原貌也常被稱為「寶庫」。而由學藝員進行解說，每個月(美術館為每年4~5次)所舉辦的「寶庫參觀團」，則會帶領來賓參觀平常所無法看見的博物館及美術館內部。

位於一樓的Museum Shop，除了正在展示中的展覽會目錄及周邊商品外，還有銷售沖繩特有的工藝品及民俗藝術品，以及可以跟孩子一起同樂的模型工藝套組，還有能夠更加了解沖繩的各式書籍。另外也有本館原創的明信片及可愛吉祥物「Okimyu」的周邊商品。來沖繩一定要來此挑選一份充滿沖繩風的紀念品回去喔。

在玻璃櫥窗內所展示的資料及作品，有時候限於場地因素，只能觀賞其中的一部分。

例如：數十米長的畫作及有美麗裝飾的器具等。想要對其有更完整深入的瞭解時，歡迎您進入資料中心裡搜尋。一部分的展示內容及收藏品等利用圖像檔案方式進行保存，藉此可以對想深入調查卻無法親自用手取出觀賞的展示資料做仔細觀賞。另外，也可以對博物館・美術館的收藏資料進行資料庫搜尋，及閱覽沖繩相關書籍、影像資料等。並且，在本網站首頁上，也有公開沖繩美術史、作品、關於作家的學習資料「開心學習沖繩近代美術史年表」等資料。

「觸摸體驗室」裡有37種體驗套組，能夠裡用雙手實際操作來學習沖繩的「自然機制」及「前人智慧」。

例如利用「動物痕跡 (糞便、足跡、飲食痕跡、巢穴等痕跡)」，來從中聯想動物的生態；穿著真正的芭蕉布所製的和服，感受其輕盈透氣的質感；實際彈奏沖繩三味線等等，大人小孩都會因為實地體驗而玩得不亦樂乎。另外，每個週末也舉辦如沖繩傳統玩具製作工作坊，讓親子能夠一起參加的活動。

於博物館內以「生活在海洋與島嶼─追求豐富、美麗、和平」為主題，將沖繩特有的自然、氣候與風土，所培育出來的歷史、文化，利用實物資料及模型、動態影像等來做介紹。並將其分為五個部門展示(自然、考古、美術工藝、歷史、民俗)，並針對各自主題來特別做展覽。

在美術館裡，是以出生於沖繩或是與沖繩有關藝術家的近現代美術作品為主進行展示，並展示日本及亞洲各國的近現代美術作品。
博物館的部門展覽及美術館的收藏展，都會定期針對主題來替換展覽品，因此每次來此參觀都可以與新的資料與作品相遇。