Hananda洞穴調查(2006年)

在博物館裡除了有與展覽及館藏資料直接相關的學藝研究活動之外，也進行著與沖繩相關的研究調查活動。這些研究調查活動是以統一設定主題，來讓全部的學藝員針對單一地區進行全面性研究，也有讓學藝員針對個人專業領域做研究調查的個別研究。

做為全體研究，針對各離島的自然、歷史、民俗、考古、美術工藝等，各種不同領域的基礎資料實施以發掘及收集為目的的綜合調查。從1979年度裡進行研究調查的粟國島開始，延伸到久米島、波照間島、西表島、小濱島等，並針對該研究內容發行報告書。

2016年開始則實施了伊是名・伊平屋島的相關研究調查。

有關各學藝員的個人研究，有部分是以個人專業領域自行設定主題為基礎來進行研究，也有接受外部委託所實施的研究等，各種不同的形式。另外，還有與大學等研究機關共同進行研究調查。

沖繩縣立博物館就是透過這樣的研究調查活動，來深入瞭解沖繩原有的自然及具有特色的傳統、文化歷史，同時以將沖繩的特性及優勢對內外廣泛推廣為目的。

特別收藏倉庫

博物館資料包含著各式各樣的「物品」，且每一物品的種類、性質、產地、用途、製作年份、大小尺寸等項目都有所不同。為了要將這些具有豐富多樣性的博物館資料用正確的方式傳承至未來，除了同時運用現行的保存及管理技術，更應以長遠的觀點來提升保存及收藏狀況，我們以持續提升管理、運用及修復技術為目標。

具體來說，在同時維持資料保存所需的適當溫度、濕度，及對蟲害的處理方式等，致力於防止資料的劣化、損傷的同時，也針對已經劣化及破損的資料進行修復。
另外，為了針對資料保存狀況及收藏狀況進行有體系的紀錄，也同時進行將資料數位化及數據庫化的工作。

大東島產信天翁化石的捐贈(2002年)

博物館一直都在進行著與沖繩有關的自然、歷史、文化資料及標本的收集。這些與沖繩直接相關的史料及關連資料，收集範圍不只是縣內，也將其擴展到日本各地甚至是世界各地。透過這樣的活動，揭開被海洋包圍的島國沖繩與日本各地及各國間，跨越海洋展開長久交流歷史的面紗。

在展覽時，會依據主題將相關資料做陳列，然後向大眾公開。但在企劃展覽時，針對其構成內容，個別資料所擁有的背景及意義則相當重要。學藝員(策展人)對展覽活動除了要多方面且詳細分析展示資料之外，還要對相關資料做調查，以讓展覽能更具親和力，讓看展人能更容易理解為目標。

展覽的形式，有基本介紹沖繩自然、歷史、文化的常設展，還有針對特定主題所舉辦的特別展及企劃展(票價不同)。另外，移師到博物館外這裡，在各個島嶼巡迴舉辦展覽的移動博物館，則是利用眾多離島來展現沖繩縣博物館特色的展覽活動。