父親が沖縄本島へ貢納船で出かけた後、二人の子どもは父親からもらったおもちゃの舟で毎日遊んでいた。ある日いつものように浜辺へ出て遊んでいると、船が風に吹かれて沖の方へ流されたので、子供達はそれを追いかけ、溺れて死んでしまった。父親はなはに着いた時、その港に、子どもに上げたはずの舟を見つけ、舟がまた沖へでたのを追いかけて宮古に戻った。二人の子どもは失ったが、おもちゃの舟は無事に沖縄と宮古の間を往来したので、父親は舟に赤い糸を結んで祭ったことから御嶽ができた。赤い糸を使ったので、平家との関連もあげられる。仲間御嶽というのがあるが、それは仲間元の人が御願をする時に、仲間御嶽からイスツへの通しの拝所として設けられている。だから仲間御嶽とイスツ御嶽は対である。昔の貢納船は沖縄へ向かう前に必ずイスツ御嶽を参拝し、意思に赤い糸を結んで船の魂として積んで沖縄に向かったという。だからここは航海安全の神として祀られている。