底地御嶽の由来は二説ある。一つは大和の人だった仲底力の父親が、大和に帰るときに、彼の妻が祈願をしたところという説と、鳩間島から作物の神を分神して建てたという説。鳩間にはトモリ御嶽というのがあって、底地御嶽のイビナーはトモリというので、同じだと考えられる。だから底地御嶽のお宮の鳥居は西向き（鳩間の方）に建っていると言われている。しかし底地御嶽の司は、仲底力の子孫がなると決まっているので、どちらの説が本当かはわからない。